Я не бог весть какой аналитик. Поэтому свои мысли по поводу сегодняшних заявлений уберу подкат.
Замечание первое. Мало кто читает Конституцию (её и соблюдать теперь не модно в России). Но в статье 89 Конституции РФ написано:
Статья 89
Президент Российской Федерации:
а) решает вопросы гражданства Российской Федерации и предоставления политического убежища;
б) награждает государственными наградами Российской Федерации, присваивает почетные звания Российской Федерации, высшие воинские и высшие специальные звания;
в) осуществляет помилование.

Это означает, что Президент лично принимает решение о помиловании. Ни комиссии, ни особые члены. Президент захотел помиловать — помиловал. Никто не может запретить Президенту в осуществлении своего Конституционного права.
В комментариях я нашёл следующее замечание:

В. Согласно п. «в» комментируемой статьи Президенту предоставлено право осуществлять помилование. Уголовный кодекс в соответствии с п. «о» ст. 71 Конституции конкретизировал институт помилования, — в частности, согласно его ст. 85 помилование осуществляется в отношении индивидуально определенного лица, осужденного за преступление. Актом помилования можно также снять судимость.
Таким образом, речь идет о полной или частичной отмене примененных в отношении осужденного санкций, их изменении или отказе от дальнейшего исполнения. Это означает, что глава государства может воспользоваться своим полномочием только после вступления приговора суда, которым лицо признано виновным, в силу.
При этом в силу единства правовой системы России, в том числе в сфере уголовно-правового регулирования, данное полномочие потенциально распространяется на всех лиц, осужденных за совершение преступлений, независимо от их вида и инстанционной подсудности.
Помилование осуществляется от имени Российской Федерации. В связи с этим Конституция не предусматривает право Президента делегировать свои полномочия по осуществлению помилования другим органам или должностным лицам. Однако участие в этом процессе других органов, поскольку они управомочены Президентом как носителем соответствующего конституционного полномочия, не исключается при условии, что решение о помиловании принимается самим Президентом. В частности, в 2001 г. глава государства упразднил Комиссию по вопросам помилования при Президенте и изменил порядок подготовки решений о помиловании. В составе Администрации Президента сохранилось Управление по вопросам помилования, а в субъектах Федерации созданы Комиссии по вопросам помилования, действующие на основании Положения о порядке рассмотрения ходатайств о помиловании в Российской Федерации. Глава государства, однако, не связан позициями названных органов.

Т.е. ещё раз, помилование — это конституционное право Президента и никто не может уменьшить или приостановить это право.
Замечание второе: дело Ходорковского, это совсем не про право и не про закон. Я думаю, что Ходорковский не писал прошение о помиловании. Мне кажется, что это была очередная «шутка» от Путина. Он уже раньше «шутил» похожим образом, когда сообщил, что давно знает покупателей нефтяных заводов империи Ходорковского.
На мой взгляд Путин специально вбросил эту фальшивую тему, чтобы отвлечь публику от 15 млрд долларов отданных Украине. Чтобы весь этот неприятный для Путина «Майдан» ушёл из повестки дня и все обсуждали помилование. Чтобы журналисты искали несуществующие документы, чтобы адвокаты пытались попасть к своему подзащитному под телекамеры, а их не пускали из-за какой-нибудь отсутствующей бумажки. А там глядишь забудут про эту евроинтеграцию, про это чёртово стояние на Майдане, про эти 15 млрд и неожиданно подешевевший газ. А там и новогодние каникулы, новостей не будет. И про Украину забудут, и про Ходорковского забудут.
Не выйдет Михаил Борисович на свободу. Третье дело будет. Будет третий срок.